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高速冷冻研磨均质仪对动物组织之鸡内脏研磨实案例分享

  使用高速冷冻研磨均质仪研磨鸡内脏,后续建库做HI-C实验。由于HI-C 实验对样本完整性和染色质构象的要求严苛,尤其是鸡内脏(如肝脏、肾脏)这类富含酶类和结缔组织的样本,全程低温保护与彻底均质化是下游建库成功的关键。我们通过净信高速冷冻研磨仪(JXFSTPRP-192CL)处理鸡肝脏样本,成功解决了 “低温维持难”“组织坚硬磨不碎” 两大痛点,为 HI-C 实验提供了高质量的起始材料。

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  高速冷冻研磨均质仪 JXFSTPRP-192CL

  实验背景:鸡内脏样本的两大挑战

  HI-C 实验需要保留染色质的空间构象,任何温度波动或机械损伤都可能导致 DNA 断裂、交联失效,最终影响互作信号的准确性。而鸡肝脏组织存在两个显著难点:

  低温敏感:样本中含大量内源性核酸酶和蛋白酶,常温下 10 分钟即可引发染色质降解,必须全程维持 - 20℃以下环境;

  质地坚硬:鸡肝脏虽为软组织,但富含结缔组织和血管,传统研磨易出现 “块状残留”,导致细胞破碎不完全,交联效率差异大。

  前期两次手工研磨尝试均失败:第一次因液氮挥发后温度回升,样本解冻后染色质降解,建库后测序数据中 “无效互作” 占比超 40%;第二次虽全程补加液氮,但手工研磨不彻底,镜检发现 30% 的组织块未破碎,最终文库复杂度不足,实验被迫中止。

  解决方案:高速冷冻研磨均质仪的 “低温 + 高频” 协同策略

  针对鸡内脏样本特性,我们采用净信高速冷冻研磨均质仪,通过以下参数设置实现突破:

  全程超低温锁鲜,阻断酶活性,高频振动破碎,实现均质化

  第一组测试参数提前将样品放入液氮里面冷冻10分钟,再放入2 mL离心管里,放了一颗3mm的珠子,一颗2mm的珠子,后用65HZ,研磨两分钟。没有研磨粉碎,样品太坚硬了。

  第二组测试参数 用了5尘濒的研磨管,放了5尘尘的研磨珠两颗,3尘尘研磨珠一颗,样品还是从度-80度冰箱拿出后放入液氮里面浸泡10分钟后,调65贬窜,研磨一分钟后,出来效果很好,是粉末状。

  操作总结:第二次的研磨设置达到了研磨要求,当样品粉碎不彻底的情况下,可以更换一下大号珠子重新进行研磨。

  实验效果:

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  样品研磨前后效果对比图

  关键操作要点与注意事项

  1、研磨管对称装载:因仪器高频振动,需在相对位置放置重量一致的平衡管(含等量缓冲液 + 研磨珠),避免仪器偏移导致的温度波动;

  2、研磨珠选择:鸡内脏组织建议用 “3mm 钢珠 + 1 颗 5mm 钢珠” 组合,兼顾破碎效率与样本接触面积;

  3、防污染处理:每批次实验后,研磨仓用 75% 酒精擦拭,研磨管和钢珠经 121℃高压灭菌 30 分钟,避免交叉污染(尤其处理不同鸡个体样本时)。

  实验结论:高速冷冻研磨均质仪通过 “超低温环境 + 高频振动”的协同作用,完美解决了鸡内脏样本在 HI-C 实验中的两大痛点:既通过全程低温阻断了染色质降解,又通过高效破碎确保了细胞均一性。相比传统方法,该方案使样本处理时间大大缩短,实验成功率从50%提升至 100%,为动物内脏组织的 HI-C、ATAC-seq 等对 “染色质完整性” 敏感的实验提供了可靠的前处理方案。后续尝试处理鸡肾脏、脾脏等样本,均获得类似效果,证明该方法对禽类内脏组织具有普适性。

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